El programa tiene asignado un personal de cinco compañeros capacitados en metodología de educación popular, terapia gestalt e intuitiva y otros saberes. En el Programa se ha desarrollado un enfoque integral en Masculinidades. 

Taller de Mujeres aliadas, grupo 2, 2009.

Larry José Madrigal: salvadoreño, teólogo y terapeuta. Larry trabaja especialmente en la investigación del campo religioso, violencia de género e imaginarios sociales de la masculinidad. Junto con el equipo de programa escribe y representa al programa en diversos foros por la equidad, estudio de las masculinidades y acción de las iglesias. Larry desarrolla técnicas de análisis e instrumentos para la formación y monitoreo de participantes.

Walberto Tejeda: hondureño, filósofo y terapeuta. Walberto desarrolla rituales, sesiones de autoconocimiento y terapia grupal, asi como la conducción general de la Escuela Equinoccio y junto con el programa, monitorea las estrategias de cambio con participantes, entidades aliadas y espacios para el cambio. Coordina, junto con las compañeras de IMU, los Diálogos intergenéricos.  Walberto desarrolla la investigación del enfoque integral aplicado a Género y Masculinidades.

Manuel Tobar Palma: salvadoreño, estudiante de trabajo social. Manuel es el asistente general de Programa, desarrollando la conducción logística y organizativa de las sesiones de Equinoccio, atendiendo participantes en sus visitas al Programa y manteniendo el contacto con los grupos de jóvenes participantes. Manuel sistematiza la base de datos "violencia de género en cuatro medios escritos salvadoreños".

Héctor Núñez: etnógrafo social y trabaja en el componente investigativo del Programa de Masculinidades del Centro Bartolomé de Las Casas, con especial énfasis en comportamientos culturales de los hombres en sexualidad y Vih. Su experticia radica especialmente en investigaciones participativas dialogando con el enfoque integral en género y masculinidades de Centro Las Casas. Actualmente está desarrollando, junto con un equipo de estudiantes, mujeres y hombres una investigación en los supuestos y creencias que sostienen la violencia sexual en estudiantes en la comunidad universitaria de El Salvador.

El Programa trabaja de cerca en la retroalimentación con personas y centros de estudio en género y desarrollo, con quienes calibra sus metodologias y enfoques, vislumbra desafíos y posiciona políticamente su quehacer. Entre ellas: Yose Höhne-Sparborth (Utrecht, Holanda), Mireya Baltodano (San José, Costa Rica), Gail Hochachka (Vancouver, Canadá), Margarita Paláez (Medellín, Colombia), María Cristina Palacio (Caldas, Colombia).